Escrito durante su estancia en España ca. 1566. El ms. fue descubierto por el abate Brasseur de Bourbourg en RAH, el ms. 9/5153. Quizá Landa lo llevó a Yucatán en 1573 y después de su muerte fue depositado en el convento franciscano de Mérida. Perdido el original, el ms. encontrado es la refundición anónima del año 1616, con varios capítulos incompletos. Landa señala como su informante principal al indio Juan (Nachi) Cocom, a Gaspar Antonio Chi (Xiu) quien probablemente fue su colaborador principal, y al traductor Jorge Xiu (de Penabchen) quien recogió los testimonios durante el auto de fe de Maní. Aparte de las informaciones indígenas, Landa utilizó la Historia de López de Gómara y otras crónicas de su época. El ms. original de Landa fue consultado por Antonio Herrera y algunos otros historiadores.
El contenido de la obra: una breve descripción de la geografía de Yucatán, destacando que no fue una isla, la parte final de la obra dedica a la flora y fauna, cómo los indios aprovechaban los recursos de Yucatán; el descubrimiento de la región (narra el naufragio de Valdivia, el cautiverio de Jerónimo de Aguilar y de Gonzalo Guerrero, las expediciones de Francisco Hernández de Córdoba, Juan de Grijalva, Hernán Cortés) y la conquista por los Montejo. Otro tema fundamental es la historia prehispánica de Yucatán desde el reinado de Kukulcán (Chichén Itzá) hasta la caída de Mayapán y la dispersión de los grupos maya. Landa describe las costumbres de los mayas, su escritura jeroglífica y su calendario, cuando compara a los indios con los españoles suele enaltecer a los primeros y criticar a los compatriotas.
Fray Landa es considerado el primer estudioso de la cronología prehispánica porque expone minuciosamente el calendario maya y su forma de computar el tiempo, dibuja todos los símbolos de días y meses, describe el ciclo de fiestas y ritos y la rueda de katunes, un método para pasar del año ordinario al periodo de 93600 días. Además, la obra de Landa es fundamental porque trata de los jeroglíficos maya y su sistema de escritura. Escritos atribuidos a Diego de Landa:
Doctrina cristiana en lengua maya. Ni se conoce ni un ejemplar.
Arte de la lengua maya. No se sabe si existió, Garibay supone que Landa mejoró la gramática redactada por fray Luis de Villalpando.